Историко-археологический музей-заповедник «Калос Лимен» был создан в 1997г. на базе археологического памятника античного времени – городища Калос Лимен (Прекрасная Гавань), Постановлением Совета министров Автономной Республики Крым № 124 от 22 апреля 1997г. Этому процессу предстоял длительный и сложный путь, который в первую очередь, связан с изучением уникального исторического комплекса, расположенного в центре посёлка на берегу Ак-Мечетской бухты, а во вторую очередь – с охранными работами и подготовкой необходимой проектной документации, для объявления этой территории заповедной.
Впервые вопрос о музеефикации античного памятника Калос Лимен возник ещё в 80-е гг.
Важнейшим событием в судьбе памятника было утверждение Постановлением Совета министров Крымской АССР (№ 298) от 19 декабря 1991г. границ охранных зон памятника, что спасло городище и его некрополь от современной застройки и хозяйственной деятельности человека.
В 1997г. по инициативе Министерства культуры Автономной Республики Крым (министр А. Г. Литвиненко) был создан Республиканский историко-археологический заповедник «Калос Лимен», Постановлением № 124 Совета Министров Автономной Республики Крым от 22 апреля 1997г. Подвижником создания заповедника, а после и первым директором стал В.А. Кутайсов, совмещая административную и исследовательскую деятельность. В тот же период были сформированы структура учреждения и его штатное расписание. «Калос Лимен» стал четвертым по счёту археологическим заповедником в Крыму.
В 2001г. в состав заповедника «Калос Лимен» был включён Черноморский историко-краеведческий музей. Таким образом, сформировался единый, логически завершённый историко-археологический комплекс, включающий в себя территорию античного памятника, с раскрытыми архитектурно-археологическими объектами под открытым небом и музей со стационарной экспозицией. На протяжении всего времени заповедник занимается изучением, сохранением и популяризацией историко-культурного наследия региона.
Приоритетное направление культурно-просветительной деятельности учреждения – это работа с молодёжью. В основу её положено воспитание патриотизма и бережного отношения к памятникам истории. В связи с этим в 2006 году была разработана Программа «Музей – школе». На протяжении всего времени она непрерывно работает при заповеднике и включает в себя цикл мероприятий, предполагающих образовательные, воспитательные и развивающие функции, и имеет три возрастных вектора: дети дошкольного возраста, школьники, студенты. В соответствии с концепцией музей-заповедник ориентирован, прежде всего, на сохранение памятников археологии, за счёт их включения в состав «Калос Лимена», а также увеличение числа посетителей, а это требует постоянных усилий и новых форм работы. Также в планах создать на базе памятника Калос Лимен музей «под открытым небом», это позволит наилучшим образом популяризировать достижения отечественной археологии, а также рассказать о быте людей, живших в Прекрасной Гавани.
В 2017г. ГБУРК ИАМЗ «Калос Лимен» отметил свои памятные даты: 20-летие создания заповедника и 30-летие открытия Черноморского историко-краеведческого музея. Постоянное изучение памятников истории, пополнение коллекции музейного фонда, развитие туристической отрасли в Западном Крыму, новые социально-экономические условия позволяют музею-заповеднику «Калос Лимен» активно взаимодействовать с обществом и приносить ему пользу, реализуя свои главные миссии и сохраняя при этом самобытность. Будучи единственным музеем-заповедником в регионе «Калос Лимен» имеет все основания на дальнейшее развитие, расширение и презентацию своего наследия на широкий круг посетителей.