Черноморский историко-краеведческий музей (ныне отдел Государственного бюджетного учреждения «Историко-археологический музей-заповедник «Калос Лимен») был открыт в 1987 г.
Идея его создания, которая «витала в воздухе» ещё с 60-х гг., принадлежит А.Н. Щеглову, известному археологу, руководителю Тарханкутской археологической экспедиции, изучавшему этот регион много лет.
В 1980 г. А.Н. Щеглов обратился к тогда заведующему отделом пропаганды и агитации райкома партии С.Н. Пушкареву (ныне исполнительный директор Ассоциации заповедников и музеев Крыма) с предложением создать в районе музей, где будут храниться, и использоваться уникальные исторические материалы, обнаруженные при археологических раскопках Тарханкутского полуострова. С.Н. Пушкарев с большим желанием и профессионализмом взялся за реализацию этого проекта. Он контролировал все стороны организации этого процесса и довёл его до логического конца.
А.Н.Шеглов, в свою очередь, взял на себя ответственность оставлять находки и не сдавать их в другие музеи. Его примеру последовали руководители других археологических экспедиций О.Д. Дашевская и В.А. Латышева.
Вскоре после этого было принято решение о создании музея в пгт. Черноморское. Постановлением райкома партии и райисполкома были намечены основные цели и задачи, назначены ответственные и определено место расположения здания музея, для которого выбрали здание старого роддома. Параллельно с тем, началась работа по составлению тематического плана будущей экспозиции, которая была поручена сотрудникам Евпаторийского краеведческого музея И.Б. Арбитайло, Н.Б. Дмитерко, а также сотрудникам Симферопольского краеведческого музея Г.Н. Гржибовской и С.А. Дружинину.
Помощь в строительстве и оборудовании здания музея оказывали председатели колхозов и совхозов Черноморского района. Проводилась огромная работа по сбору материалов и документов для экспозиции будущего музея. Большая часть предметов была передана археологическими экспедициями. Постоянно музей пополнялся за счёт материалов, которые предоставлял районный совет ветеранов.
Значительную коллекцию материалов передали в музей и коллективы Управления разведочного бурения и экспедиционного отряда подводно-технических работ и морского плавания.
Художественное оформление экспозиции поручили Симферопольскому художественному комбинату. Работы по оформлению выполняли мастера комбината Р. Марманова и Ж. Гаврилюк. Главными исполнителями заказа стали интересные, грамотные художники В. Шитиков, Б. Николин, предложившие и выполнившие весь объём художественно-оформительских работ, в том числе прекрасные макеты в семи залах музея.
Оформление двух залов, посвящённых античному времени, осуществлялось под контролем А.Н. Щеглова, который большую часть своего времени проводил тогда в новом музее. Несколько позже в экспозиции появились, специально созданные для музея картины известных крымских художников – В.Д. Бернадского «В.И. Ленин», А.А. Рустамова панно в технике энкаустик «Ак-Мечеть в начале XIX в.», А.Н. Шипова и соавторов «Освобождение Ак-Мечети 13 апреля 1944 года», Б.Л. Луговского панно «Время Тарханкута».
В ноябре 1987 г. Черноморский музей был открыт на основании Постановления Совета Министров УССР от 1987 г. № 416 «О создании историко-краеведческого музея как филиала Евпаторийского краеведческого музея в пгт Черноморское Крымской области», таким образом, определился и статус учреждения. Директором назначили Е.К. Ломовицкую, а с 1988 г. – З.И. Пысач.
В основу культурно-просветительной деятельности созданного музея легла его экспозиция, состоявшая из шести разделов:
1) «Древнее прошлое Тарханкута»;
2) «История Ак-Мечети в 18-19 вв.»;
3) «Установление Советской власти»;
4) «Ак-Мечеть в годы Великой Отечественной Войны»;
5) «Развитой социализм»;
6) «Черноморский район – современный».
Современная экспозиция музея носит краеведческий характер и неразрывно связанная с природой, историей и культурой Черноморского района. Так, в 1992 году появился экспозиционный раздел «Природа Тарханкута», который рассказывает о памятниках природы нашего края, его растительном и животном мире.
В 2007 году сотрудниками заповедника была создана ансамблевая экспозиция «Этнография народов Тарханкута конца XIX–XX веков», образовательной целью, которой было желание сформировать межкультурное взаимодействие между проживающими в соседстве народами. В Этнографической экспозиции показаны исторические фрагменты интерьера, воссоздающие культуру и быт народов региона – крымских татар и группу славянских народов: русских, украинцев, болгар. Экспозиция дала возможность осуществлять специальную работу по формированию толерантности в молодёжной среде и в обществе в целом.
В залах этнографии регулярно проводятся этнографические фестивали, рождественские встречи, пасхальные праздники и другие мероприятия.
В 2004 году при активной помощи Союза ветеранов-афганцев Черноморского района была создана постоянная экспозиция «Необъявленная война в Афганистане», посвящённая воинам-интернационалистам – жителям нашего района.
В целом, ныне действующая экспозиция размещена в восьми залах музея. Можно выделить несколько тематических разделов:
1) Природа Тарханкута;
2) Античная история (размещена в 2-х залах);
3) Средние века;
4) Этнография народов Тарханкута конца XIX-XX века;
5) Великая Отечественная война;
6) Необъявленная война в Афганистане;
7) Тарханкут – современный, где основная часть экспозиции рассказывает об истории предприятия ГАО «Черноморнефтегаз»;
8) Лапидарий, где представлена коллекция каменных находок, обнаруженных при раскопках археологических памятников района. Он создан в мае 2011г. и размещается во дворе музея.
Экспозиция музея стала позиционировать себя как самостоятельную систему передачи исторических знаний. Структура её базируется на исторических процессах, которые происходили в Западном Крыму.
Годы становления независимости Украины были особенно трудные для Черноморского музея. В 1992 г. музей из состава Евпаторийского краеведческого музея передали в управление отдела культуры Черноморской райгосадминистрации.
В 2001 г. Черноморский историко-краеведческий музей был включен в состав Историко-археологического заповедника «Калос Лимен» на правах отдела. Музей поражает посетителей богатством экспонатов и прекрасным оформлением. Его по праву можно назвать культурным центром Черноморского района. На базе музея постоянно проводятся выставки, фестивали, конкурсы, различные формы экскурсий и другие мероприятия.