ГБУРК ИАМЗ «Калос Лимен» включает в себя 2 структурных подразделения:
- Историко-краеведческий музей;
- Античное городище Калос Лимен (Прекрасная Гавань), IV в. до н.э. – II в. н.э.;
А также, три объекта показа:
- Историко-краеведчский музей;
- Античное городище Калос Лимен (Прекрасная Гавань), IV в. до н.э. – II в. н.э.;
- Лапидарий.
Ключевыми направлениями деятельности музея-заповедника являются:
- памятникоохранная;
- научно-исследовательская;
- научно-методическая;
- культурно-образовательная деятельность;
- экспозиционная;
- учетно-фондовая;
- издательская.
В соответствии с действующим законодательством на территории музея-заповедника выделены следующие зоны:
- заповедная – для сохранения и охраны памятников археологии;
- экспозиционная – для создания стационарных экспозиций и экспонирования выставок;
- административная - для обеспечения функционирования учреждения.
Музей-заповедник включает в себя следующие отделы:
- административно-управленческий;
- фондовый;
- музейный;
- финансовый;
- хозяйственный.
В музее-заповеднике по штатному расписанию предусмотрено 22 единицы, среди которых научные сотрудники и иные музейные специалисты.
