Фонды Крымского республиканского учреждения «Историко-археологический заповедник «Калос Лимен» начали комплектоваться с момента создания Черноморского историко-краеведческого музея в 1987 г.
Кроме подготовки и ремонта здания под музей и оформление экспозиции, проводилась огромная работа по сбору материалов и документов для экспозиции будущего музея. Большая часть предметов была передана археологическими экспедициями.
В 1933 г. здесь работала Евпаторийская экспедиция ГАИМК под руководством П.Н. Шульца, в 1948 и 50 гг. - Евпаторийский отряд Тавро–Скифской экспедиции (начальник М.А. Наливкина), а в 1959 г. отряд советско–польской экспедици (начальник М.-Л. Бернар). В 1965 г. подчистки осуществла Тарханкутская экспедиция херсонесского музея (начальник А.Н. Щеглов.).
С 1988 г. проводятся стационарные работы Западно-Крымской экспедицией Крымского филиала ИА НАН Украины (руководитель В.А. Кутайсов). Постоянно музей пополнялся за счёт материалов, которые предоставлял районный совет ветеранов.
Значительную коллекцию материалов передали в музей и коллективы Управления разведочного бурения и экспедиционного отряда подводно-технических работ и морского плавания.
На данный момент фонды заповедника имеют несколько основных групп хранения, таких как:
- Археология; - Вещи; - Природа; - Документы ; - Фотографии; - Боны; - Нумизматика; - Оружие.
Среди фондового собрания КРУИАЗ можно выделить наиболее ценные и выразительные коллекции: каменные изваяния, античная посуда, а коллекция античных амфор является поистине «золотым фондом» заповедника. Очень интересны монеты (античных и периода Крымского ханства), награды Великой Отечественной войны, фронтовые письма, фото и документы.
Можно выделить коллекцию новогодних елочных украшений советского времени, а также коллекцию украинских рушников, переданных в фонды заповедника КРУИАЗ местными жителями, переехавших в Черноморский район из разных уголков страны.
